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学会発表

  1. Mn-カタラーゼにおける過酸化水素不均化反応機構の解明に向けて （口頭発表）
    2. 庄村康人
    2022年度iBIX-JAXA-KEK物構研-QST 合同タンパク質研究会
    2023年2月27日，オンライン

  2. Ni置換型ルブレドキシン変異体の構造機能相関の解明 （口頭発表）
    3. 遠藤啓貴，横山優花，松井眞美，飯塚夏海，庄村康人
    第22回日本蛋白質科学年会
    2022年6月7-9日，つくば国際会議場，つくば市

  3. 偏性嫌気性細菌由来Mn-カタラーゼ様タンパク質の構造解析 （口頭発表）
    4. 野村葵，門倉佳輝，庄村康人
    第22回日本蛋白質科学年会
    2022年6月7-9日，つくば国際会議場，つくば市

  4. Ni置換型ルブレドキシン変異体のX線・中性子結晶子構造解析（ポスター発表）
    5. 遠藤啓貴, 庄村康人
    2021年度量子ビームサイエンスフェスタ
    2022年3月7-9日，オンライン

  5. X-ray crystal structure analysis of the Ni-substituted rubredoxin mutant（ポスター発表）
    6. Keiki Endo, Yuka Yokoyama, Mami Matsui, Natsumi Iitsuka, Yasuhito Shomura
    6th International Symposium of Quantum Beam Science at Ibaraki University
    21 - 22 Feb. 2022，Online

  6. 還元型Mn-カタラーゼのX線・中性子結晶構造解析（ポスター発表）
    7. 鈴井美羽，高木夕里圭，高野紗和，高橋果林，山田太郎，庄村康人
    令和3年度　日本結晶学会年会
    2021年11月19-21日，オンライン

  7. 高度好熱菌由来Mn-カタラーゼの結晶構造解析 （ポスター発表）
    8. 高木夕里圭，高野紗和，高橋果林，山田太郎，庄村康人
    2020年度量子ビームサイエンスフェスタ
    2021年3月9-11日，オンライン

  8. Clostridium acetobutylicum由来Rubrerythrinの構造解析 （ポスター発表）
    9. 伊藤拓未，川崎信治，庄村康人
    2020年度量子ビームサイエンスフェスタ
    2021年3月9-11日，オンライン

  9. Structure analyses of Rubrerythrin from Clostridium acetobutylicum （ポスター発表）
    10. Takumi Itoh,Yasuhito Shomura
    5th International Symposium of Quantum Beam Science at Ibaraki University
    19 - 21 Nov. 2020，Online

  10. Ni結合型ルブレドキシンの物性・機能相関の解明 （依頼講演）
    11. 庄村康人
    2020年度iBIX-JAXA-KEK 物構研-QST 合同タンパク質研究会
    2020年11月9日，オンライン

  11. Improved hydrogen evolution activity of the Ni-substituted rubredoxin by site-directed mutagenesis （依頼講演）
    12. Yasuhito Shomura, Yuka Yokoyama
    錯体化学会第70回討論会
    2020年9月28-30日，オンライン

  12. Mn-カタラーゼへの部位特異的変異導入とその酵素学的解析 （ポスター発表）
    13. 高野紗和，高橋果林，山田太郎，庄村康人
    第19回日本蛋白質科学年会
    2019年6月24-26日，神戸国際会議場，神戸市

  13. Ni置換型ルブレドキシンのX線・中性子結晶構造解析 （ポスター発表）
    14. 横山優花，庄村康人
    2018年度量子ビームサイエンスフェスタ
    2019年3月12-13日，つくば国際会議場，つくば市

  14. L-アミノ酸リガーゼを用いた生理活性ペプチドのin vivo合成系の確立 （ポスター発表）
    15. 清野里々花，矢ヶ崎誠，庄村康人
    日本農芸化学会関東支部2018年度大会
    2018年10月3日，東京理科大学，野田市

  15. 放線菌由来シトクロムP450の基質特異性の解明 （ポスター発表）
    16. 樋澤芽依，纐纈健人，庄村康人
    日本農芸化学会関東支部2018年度大会
    2018年10月3日，東京理科大学，野田市

  16. [NiFe]ヒドロゲナーゼがもつ鉄硫黄クラスターの新規機能 （口頭発表）
    17. 庄村康人
    第56回日本生物物理学会
    2018年9月15-17日，岡山大学，岡山市

  17. Oxidation-induced conformational change at the active site of the soluble NAD+-reducing [NiFe]-hydrogenase（招待講演）
    18. Yasuhito Shomura
    43rd International Conference on Coordination Chemistry
    30 Jul. - 4 Aug. 2018, Sendai International Center, Sendai

  18. X線小角散乱法による コラーゲンプロリンtrans-4-水酸化酵素の構造解析 （ポスター発表）
    19. 宗田善久，庄村康人
    第18回日本蛋白質科学会年会
    2018年6月26-28日，朱鷺メッセ，新潟市

  19. In vivo synthesis of physiologically active peptides using the protein-engineered L-amino acid ligase （ポスター発表）
    20. Ririka Seino, Makoto Yagasaki, Yasuhito Shomura
    3rd International Symposium of Quantum Beam Science at Ibaraki University
    30 May - 2 Jun. 2018，Ibaraki Univ., Mito

  20. Quaternary structure prediction of collagen prolyl trans-4-hydroxylase by SAXS analysis （ポスター発表）
    21. Yoshihisa Soda, Yasuhito Shomura
    3rd International Symposium of Quantum Beam Science at Ibaraki University
    30 May - 2 Jun. 2018，Ibaraki Univ.，Mito

  21. Crystal structure analysis of the nickel-Substituted rubredoxin from Caldanaerobacter subterraneus （ポスター発表）
    22. Yuka Yokoyama, Yasuhito Shomura
    3rd International Symposium of Quantum Beam Science at Ibaraki University
    30 May - 2 Jun. 2018，Ibaraki Univ.，Mito

  22. Structural studies on [NiFe]-hydrogenases（招待講演）
    23. Yasuhito Shomura
    3rd International Symposium of Quantum Beam Science at Ibaraki University
    30 May - 2 Jun. 2018，Ibaraki Univ.，Mito

  23. X線小角散乱法によるコラーゲンプロリンtrans-4-水酸化酵素の構造解析（ポスター発表）
    24. 宗田善久，庄村康人
    2017年度量子ビームサイエンスフェスタ
    2018年3月2-4日，茨城県民文化センター，水戸市

  24. Small angle X-ray scattering analysis of collagen prolyl trans-4-hydroxylase（ポスター発表）
    25. Yoshihisa Soda, Yasuhito Shomura
    2nd International Symposium of Quantum Beam Science at Ibaraki University
    8-9 Dec. 2017，Ibaraki Univ.，Mito

  25. X-ray structure analysis of cytochrome P450 from Stackebrandtia nassauensis（ポスター発表）
    26. Mei Hizawa, Kento Koketsu, Yasuhito Shomura
    2nd International Symposium of Quantum Beam Science at Ibaraki University
    8-9 Dec. 2017，Ibaraki Univ.，Mito

  26. Biosynthesis of the organometallic compound: the maturation processes of [NiFe]-hydrogenases（口頭発表）
    27. Yasuhito Shomura
    The International Symposium of Quantum Beam Science at Ibaraki University
    20 Nov. 2016，Ibaraki Univ.，Mito

  27. X-ray structure analysis of the HypCD complex in the metal-bound forms（ポスター発表）
    28. Masashi Sawabe, Yoshiki Higuchi, Yasuhito Shomura
    The International Symposium of Quantum Beam Science at Ibaraki University
    18-20 Nov. 2016，Ibaraki Univ.，Mito

  28. X-ray structure analysis of the dipeptide synthetase RSp1486a（ポスター発表）
    29. Mei Hizawa, Makoto Yagasaki, Yoshiki Higuchi, Yasuhito Shomura
    The International Symposium of Quantum Beam Science at Ibaraki University
    18-20 Nov. 2016，Ibaraki Univ，Mito

  29. Fe(CN)2CO 錯体の生合成に関与するHypCD複合体の二価金属結合型構造（ポスター発表）
    30. 澤辺大嗣，樋口芳樹，庄村康人
    平成28年度　日本結晶学会年会
    2016年11月17-18日，茨城県民文化センター，水戸市

  30. ジペプチド合成酵素RSp1486aのX線結晶構造解析（ポスター発表）
    31. 樋澤芽依，矢ケ崎誠，樋口芳樹，庄村康人
    平成28年度　日本結晶学会年会
    2016年11月17-18日，茨城県民文化センター，水戸市

  31. ヒドロゲナーゼがもつ鉄硫黄クラスターの構造的多様性（口頭発表）
    32. 庄村康人, Noor Dina Binti Muhd Noor, 西川幸志, 樋口芳樹
    第88回　日本生化学会大会
    2015年12月1-4日，神戸ポートアイランド，神戸市

  32. Fe(CN)2CO 錯体の生合成に関与するHypCD複合体のFe結合型構造（口頭発表）
    33. 庄村康人，樋口芳樹，Robert Szilagyi
    平成27年度　日本結晶学会年会
    2015年10月17-18日，大阪府立大学中百舌鳥キャンパス，堺市

  33. X-ray structure analysis of the [NiFe]-hydrogenase from Citrobacter sp. S-77（招待講演）
    34. Y. Shomura
    I2CNER International Workshop 2015
    4 Feb 2015，Kyusyu Univ.，Fukuoka

  34. [NiFe]ヒドロゲナーゼのX線結晶構造解析（招待講演）
    35. 庄村康人
    第27回 日本放射光学会年会放射光科学合同シンポジウム
    2014年1月11-13日，広島国際会議場，広島市


原著論文

  1. Redox-dependent conformational changes of a proximal [4Fe-4S] cluster in Hyb-type [NiFe]-hydrogenase to protect the active site from O2.
    2. Noor N.D.M., Matsuura H., Nishikawa K., Tai H., Hirota S., Kim J., Kang J., Tateno M., Yoon K-S. , Ogo S., Kubota S., Shomura Y., Higuchi Y.
    Chem. Commun., 54(87) 12385-12388. 2018

  2. Complete Genome Sequence of a Moderately Thermophilic Facultative Chemolithoautotrophic Hydrogen-Oxidizing Bacterium, Hydrogenophilus thermoluteolus TH-1.
    3. Arai H., Shomura Y., Higuchi Y., Ishii M.
    Microbiol. Resour. Announc., 7(6) e00857-18. 2018

  3. Structural basis of the redox switches in the NAD+-reducing soluble [NiFe]-hydrogenase.
    4. Shomura Y.*,†, Taketa M.*, Nakashima H., Tai H., Nakagawa H., Ikeda Y., Ishii M., Igarashi Y., Nishihara H., Yoon K-S., Ogo S., Hirota S., Higuchi Y.†
    Science, 357(6354) 928-932. 2017
    *Equally contributed authors
    †Double corresponding authors

  4. Rational Design of Domain-Swapping-Based c-Type Cytochrome Heterodimers by Using Chimeric Proteins.
    5. Zhang M., Nakanishi T., Yamanaka M., Nagao S., Yanagisawa S., Shomura Y., Shibata N., Ogura T., Higuchi Y., Hirota S.
    Chembiochem, 18(17) 1712-1715. 2017

  5. Synthesis and Reactivity of a Water-soluble NiRu Monohydride.
    6. Matsumoto T., Yoshimoto K., Zheng C., Shomura Y., Higuchi Y., Nakai H., Ogo S.
    Chem. Lett., 45(2) 197-199. 2016

  6. Domain-swapped cytochrome cb562 dimer and its nanocage encapsulating a Zn-SO4 cluster in the internal cavity.
    7. Miyamoto T., Kuribayashi M., Nagao S., Shomura Y., Higuchi Y., Hirota S.
    Chem.Sci., 6(12) 7336-7342. 2015

  7. Oligomerization enhancement and two domain swapping mode detection for thermostable cytochrome c552 via the elongation of the major hinge loop.
    8. Ren C., Nagao S., Yamanaka M., Komori H., Shomura Y., Higuchi Y., Hirota S.
    Mol. Biosyst., 11(12) 3218-3221. 2015

  8. Crystallization and preliminary X-ray analysis of the NAD+-reducing [NiFe] hydrogenase from Hydrogenophilus thermoluteolus TH-1.
    9. Taketa M., Nakagawa H., Habukawa M., Osuka H., Kihira K., Komori H., Shibata N., Ishii M., Igarashi Y., Nishihara Y., Yoon K-S., Ogo S., Shomura Y., Higuchi Y.
    Acta Crystallogr. F Struct. Biol. Commun., 71(Pt 1) 96-99. 2015

  9. Refined Regio- and Stereoselective Hydroxylation of l-Pipecolic Acid by Protein Engineering of l-Proline cis-4-Hydroxylase Based on the X-ray Crystal Structure.
    10. Koketsu K., Shomura Y., Moriwaki K., Hayashi M., Mitsuhashi S., Hara R., Kino K., Higuchi Y.
    ACS Synth. Biol., 4(4) 383-392. 2015

  10. Rational Design of Heterodimeric Protein using Domain Swapping for Myoglobin.
    11. Lin Y.W., Nagao S., Zhang M., Shomura Y., Higuchi Y., Hirota S.
    Angew. Chem. Int. Ed. Engl., 54(2) 511-515. 2015

  11. Photosensitivity of the Ni-A state of [NiFe] hydrogenase from Desulfovibrio vulgaris Miyazaki F with visible light.
    12. Osuka H., Shomura Y., Komori H., Shibata N., Nagao S., Higuchi Y., Hirota S.
    Biochem. Biophys. Res. Commun., 430(1) 284-288. 2013

  12. Crystal structure analysis of the translation factor RF3 (release factor 3).
    13. Kihira K., Shimizu Y., Shomura Y., Shibata N., Kitamura M., Nakagawa A., Tsukihara T., Ueda T., Ochi K., Higuchi Y.
    FEBS Lett., 586(20) 3705-3709. 2012

  13. Structural and oxygen binding properties of dimeric horse myoglobin.
    14. Nagao S., Osuka H., Yamada T., Uni T., Shomura Y., Imai K., Higuchi Y., Hirota S.
    Dalton Trans., 41(37) 11378-11385. 2012

  14. Structural basis for the reaction mechanism of S-carbamoylation of HypE by HypF in the maturation of [NiFe]-hydrogenases.
    15. Shomura Y.*, Higuchi Y.*
    J. Biol. Chem., 287(34) 28409-28419. 2012
    *Double corresponding authors

  15. Structural and enzymatic characterization of BacD, an L-amino acid dipeptide ligase from Bacillus subtilis.
    16. Shomura Y., Hinokuchi E., Ikeda H., Senoo A., Takahashi Y., Saito J., Komori H., Shibata N., Yonetani Y., Higuchi Y.
    Protein Sci., 21(5) 707-716. 2012

  16. Structural basis for [4Fe-3S] cluster in the O2-tolerant membrane-bound [NiFe] hydrogenase.
    17. Shomura Y., Yoon K-S., Nishihara H., Higuchi Y.
    Nature, 479(7372) 253-256. 2011

  17. Crystallization and preliminary X-ray diffraction analysis of membrane-bound respiratory [NiFe] hydrogenase from Hydrogenovibrio marinus.
    18. Shomura Y., Hagiya K., Yoon K-S., Nishihara H., Higuchi Y.
    Acta Crystallogr. Sect. F Struct. Biol. Cryst. Commun., 67(Pt7) 827-829. 2011

  18. Crystallographic characterization of the DIX domain of the Wnt signalling positive regulator Ccd1.
    19. Terawaki S., Yano K., Katsutani T., Shiomi K., Keino-Masu K., Masu M., Shomura Y., Komori H., Shibata N., Higuchi Y.
    Acta Crystallogr. Sect. F Struct. Biol. Cryst. Commun., 67(Pt7) 758-761. 2011


著書

  1. Encyclopedia of Inorganic and Bioinorganic Chemistry（共著）
    2. Shomura Y., Higuchi Y.
    Standard Article "NAD+-reducing [NiFe]-Hydrogenase" 2019
    Wiley Online Library DOI: https://doi.org/10.1002/9781119951438.eibc2697

  2. ADVANCES IN BIOORGAOMETALLIC CHEMISTRY（共著）
    3. Shomura Y.
    Chapter 18 "Structural Insights into the Protective Mechanisms against O2 in the [NiFe]-Hydrogenases" 365-377. 2019
    ELSEVIER Inc. DOI: https://doi.org/10.1016/B978-0-12-814197-7.00001-7

  3. 「生物物理」誌（共著）
    4. 庄村康人，樋口芳樹
    解説 「 [NiFe]ヒドロゲナーゼがもつ鉄硫黄クラスターによる酸素防御機構」 58(6), 297-302. 2018
    一般社団法人日本生物物理学会　ISSN 0582-4052


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